Mit Xournal++ fügen Sie Texte, Grafiken und Markierungen in ein PDF-Dokument ein. Beim Anlegen eines neuen Dokuments, das nach PDF exportiert werden kann, bestimmen Sie das Papierformat, die Papierfarbe und -art wie leer, kariert oder liniert (Journal - Seitenvorlage konfigurieren). Beim Öffnen einer PDF-Datei wird deren Inhalt als Hintergrund verwendet, der nicht direkt verändert werden kann. Sie können jedoch Ebenen (Journal - New Layer) auf das Original legen und alles zusammen als PDF abspeichern. Außerdem lassen sich die Seiten umsortieren, duplizieren und löschen. In der linken Seitenleiste sehen Sie eine Vorschau auf die einzelnen Seiten des aktuellen Dokuments. Als Werkzeuge stehen Stifte, Textmarker, Radierer, Textfeld, das Einfügen von Grafiken sowie Zeichenfunktionen für Pfeile, Linien, Kreise, Quadrate und einem Koordinatensystem zur Auswahl.

Die "Formenerkennung" macht aus Ihren Freihand-Linien einen geraden Strich und erkennt auch Kreise oder Quadrate. Während Sie am Dokument arbeiten, können Sie den internen Audiorekorder starten, der bspw. eine Ansprache aufnimmt, die zu Ihren Notizen passt. Mit der Funktion "Vertikaler Platz" werden alle Inhalte unterhalb des markierten Bereichs nach unten verschoben, um Raum für ergänzende Notizen freizumachen. Zum Einfügen mathematischer Formeln verwenden Sie das Textsatzsystem LaTeX (LaTeX editieren/hinzufügen). Das funktioniert allerdings nur, wenn Sie die TeX-Distribution "TeX Live" installieren (Sourcecode). Das kann allerdings etwas dauern. Unterstützte Zielformate sind PDF sowie PNG und SVG. Für das Erstellen handschriftlicher Notizen mag ein Grafiktablett besser als eine Maus geeignet sein.